Подведомственные организации
- Федеральные государственные унитарные предприятия
-
Администрации морских портов
- ФГБУ Администрация морских портов Западной Арктики
- ФГБУ Администрация морских портов Балтийского моря
- ФГБУ Администрация морских портов Азовского моря
- ФГБУ Администрация морских портов Черного моря
- ФГБУ Администрация морских портов Каспийского моря
- ФГБУ Администрация морских портов Приморского края и Восточной Арктики
- ФГБУ Администрация морских портов Охотского моря и Татарского пролива
- ФГБУ Администрация морских портов Сахалина, Курил и Камчатки
-
Администрации бассейнов внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Волго-Донского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Волго-Балтийского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Беломорско-Онежского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Двинско-Печорского бассейна внутренних водных путей
- ФГБУ Канал имени Москвы
- ФБУ Администрация Волжского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Камского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Азово-Донского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Обь-Иртышского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Обского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Енисейского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Байкало-Ангарского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Ленского бассейна внутренних водных путей
- ФБУ Администрация Амурского бассейна внутренних водных путей
-
Учебные заведения
- Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова
- Государственный морской университет имени адмирала Ф.Ф. Ушакова
- Морской государственный университет имени адмирала Г.И. Невельского
- Волжский государственный университет водного транспорта
- Сибирский государственный университет водного транспорта
-
Другие
- ФГБУ Морспасслужба
- ФКУ Дирекция государственного заказчика программ развития морского транспорта
- ФКУ Речводпуть
- ФБУ Служба морской безопасности
- ФГБУ Администрация Севморпути
- ФБУ Музей морского флота
- ФГУ по обеспечению исполнения функций Уполномоченного Российской Федерации по Сайменскому каналу
- ФГБУ Главный центр связи и спутниковых систем